Daisy, qui ignore qu'elle est la fille du roi d'un monde parallèle situé sous terre et que la pierre qu'elle porte autour du cou est un talisman, dirige les fouilles archéologiques d'un site de Brooklyn. Dictateur ayant usurpé le trône, Koopa, qui règne sur un monde de sauriens et de mutants, à besoin de Daisy et de son talisman magique pour fusionner avec le monde des humains. Koopa enlève la jeune archéologue en plein New York, mais c'était sans compter avec Mario et Luigi, intrépides plombiers et chevaliers servants de Daisy. Ceux-ci affrontent courageusement les guerriers de Koopa et découvrent l'univers délirant d'une cité peuplée d'étranges créatures.