Après quatre années passées à protéger la Terre des invasions des Aliens, l'agent J. des Men in Black désespère de trouver le partenaire idéal. K., qui a tout oublié de son passé, travaille désormais à la poste. L'agent J. va bientôt le sortir de sa retraite. Leur mission : mettre hors d'état de nuire la machiavélique extra-terrestre, Serleena, décidée à détruire la Terre.