Le plus célèbre des Spy Kids, Juni Cortez (Daryl Sabara), a démissionné. S'estimant trahi par l'agence, il refuse désormais de travailler pour l'OSS, même si le Président (George Clooney) lui-même le supplie .... Pourtant, lorsque le jeune garçon apprend que sa soeur, Carmen (Alexa Vega), est en danger, il n'hésite pas ....