Mary Louise Parker fait ses débuts off et on Broadway, où ses talents ne passent pas inaperçus puisqu'elle remporte deux prix pour Prelude to a kiss et une nomination au Tony Award, équivalent des Oscar pour le monde du théâtre.
Elle perce à l'écran en 1991 en livrant une solide performance dans Beignets de tomates vertes de Jon Avnet et avec Kathy Bates. L'ascension est néanmoins lente : dans les années 90, en dehors des spotlights et dans des seconds ou troisièmes rôles, elle s'illustre chez Anthony Minghella