Le film présente l'histoire de Marie Stuart à partir de son retour en Écosse. La première scène montre Elisabeth furieuse du débarquement imminent de sa cousine en Écosse. Elle ne lui a pas accordé de sauf conduit. Aussi ordonne-t-elle, afin d'éviter que Marie ne se serve du tremplin de l'Écosse pour lui ravir son sceptre, qu'un capitaine hisse le pavillon noir en cette occasion. Lorsqu'elle a débarqué à Leith en Écosse, Marie Stuart se rend au château Holyrood sur une vieille rosse : les pirates ont arraisonné le navire qui transportait ses chevaux. Les lords écossais annoncent à Moray, le demi-frère de Marie, que son règne touche à sa fin. Lors de la première entrevue avec les seigneurs d'Écosse, Marie, heureuse de revenir après treize ans d'absence, affirme hautement son appartenance à la religion catholique. Elle permet à son secrétaire Rizzio de rester, alors que Ruthven voulait que l'étranger se retire. La question d'un remariage est abordée. Les lords proposent lord Darnley, qui présente l'avantage d'être un Stuart, troisième héritier de la couronne d'Angleterre. On lui rapporte un propos malveillant de du comte de Bothwell : Marie et Elisabeth réunies n'équivalent pas à la moitié d'une honnête femme. Elle leur dit alors qu'elle veut devenir elle-même et qu'elle ne se mariera que lorsqu'elle aimera quelqu'un.