La biotechnologie a évolué et engendre un phénomène irréversible, les plus grands chercheurs sont réunis lors du congrès "Bio-Majors". Le Docteur Shiragami, imminent biologiste de la Fondation Okochi de Tokyo expose sa découverte : il peut aujourd'hui produire d'immenses plantes à base de cellules de Godzilla récupérées dans les ruines radioactives de la baie de Tokyo. En fait, il n'avait pas prévu que ses recherches donneraient naissance à Biollante, supermonstre capable de détruire l'humanité. La seule solution possible pour sauver le monde est un combat mortel entre Biollante et Godzilla ....