Le jeune Jim Hawkins a été recueilli à la mort de ses parents par la vulgaire aubergiste Mme Bluveridge. Le pirate Billy Bones lui remet avant de mourir la carte du trésor caché du capitaine Flint. Après avoir échappé à une horde de pirates a la recherche de la carte, Jim, accompagné de Gonzo et de Rizzo le rat, parvient à convaincre le stupide Squire Trelawney (joué par l'ours Fozzie) d'affréter un navire, l'Hispaniola, afin de partir à la recherche du trésor. Le navire est dirigé par le capitaine Abraham Smolett (Kermit la grenouille) secondé par Samuel Arrow (Sam l'aigle), le docteur Livesey (Walbec Bunsen) et son assistant Fiole (Beaker). Mais le cuisinier unijambiste Long John Silver a recruté secrètement l'ancien équipage du capitaine Flint et sitôt en mer, les pirates prennent le contrôle du navire afin de s'approprier le trésor. Arrivés sur l'ile où il est enfoui, ils tombent sur une tribu de cochons sauvages sur laquelle règne la voluptueuse Benjamina Gunn (Miss Piggy), ancienne fiancée de Smolett abandonnée devant l'autel et que tous croyaient disparue en mer.