Deux cents ans après s'être suicidée, alors qu'elle était enceinte de l'Alien, en se jetant dans une cuve d'acier en fusion, le lieutenant Ellen Ripley est ressuscitée par un savant avec son ADN, retrouvé et conservé par des chercheurs qui se trouvent à bord d'un vaisseau en partance pour la Terre. Mais une partie de l'ADN de l'Alien «roi» est accidentellement mélangé à celui de Ripley, développant en cette dernière des caractéristiques communes à son ennemi héréditaire ....