E. (pour Edmund) Elias Merhige est né en 1964 à New York. Diplômé en réalisation du Conservatoire de la State University, de New York, il a un temps hésité entre faire du cinéma et suivre des études de médecine. Le choix sera vite fait, notamment grâce à son grand-père qui lui lègue une grosse somme d'argent (pour les études de médecine, justement), et qui servira en fait à financer sa première réalisation, Begotten, son film de fin d'études mais aussi et surtout un long métrage dans la lignée de Eraserhead, sorte de long cauchemar surréaliste.