Christopher McQuarrie a grandi à Princeton Junction, dans le New Jersey. Après le lycée, où il s'illustre, en tant que comédien, dans la comédie musicale "Damn Yankees", il part en Australie pour une année avant de rentrer sur New York. Il y dégotte un job de détective privé, job qu'il exerce pendant quatre ans, et qui, on peut l'imaginer, nourrit fortement son imaginaire de scénariste. En 1993, McQuarrie co-signe avec un ami de lycée, Bryan Singer, le scénario de Public access, premier film de ce dernier et qui remporte le Grand Prix du jury au Festival de Sundance.