Ethan Hunt accepte une nouvelle mission décrite sur une bande magnétique qui s'autodétruit cinq secondes plus tard : le « Syndicat », dont le chef, Solomon Lane, a été arrêté deux ans auparavant par Hunt et son équipe, s'est reformé sous la forme d'un groupe terroriste dénommé « Les Apôtres », avec l'aide de Nils Debruuk, spécialiste norvégien en armes nucléaires. La mission de Hunt est d'intercepter une livraison de trois charges portables de plutonium aux Apôtres, qui doit se dérouler à Berlin. Il s'y rend avec Benji et Luther, mais ce dernier est pris en otage par les Apôtres ; en voulant le sauver, Hunt oublie de surveiller les bombes dont s'emparent les terroristes.