Jean-Claude Monod est né à Paris. Son père, Jean Monod ethnologue a réalisé plusieurs documentaires dont Histoire de Wahari prix Georges Sadoul et a également interprété le rôle principal du film de Jean Rouch, Dionysos (1983), long métrage de fiction, sélectionné au Festival de Venise (1984).

A 14 ans, dans le cadre du concours Victor Hugo, organisé par le ministère de la Culture pour le centenaire de la mort de l'écrivain, Jean-Claude Monod écrit son premier scénario de long métrage, Les Djinns. Le scénario est sélectionné (sur 350) en finale du Concours, permettant ainsi à Jean-Claude Monod d'en réaliser un extrait financé par le Ministère de la Culture, le CNC et le GREC en 1985. Il a alors 15 ans, et un portrait paru dans Libération le baptise le Gavroche du cinéma.

Des études littéraires le conduisent ensuite vers l'École normale supérieure de la rue d'Ulm, puis vers la philosophie (agrégation et thèse).

Il fonde en janvier 2000 une société de production, Les Films du Possible avec trois amis de sa génération.