Au Japon en 1603, le prince Kershin, qui s'oppose à son père, est arrêté et emprisonné dans un temple. Grâce à un vieux sceptre magique, il se retrouve à New York en 1993. Au même moment, la journaliste April, l'amie des Tortues, se retrouve projettée au japon du XVIIe siècle. Les tortues reproduisent la manipulation du sceptre et plongent dans un Japon féodal, théâtre de luttes intestines. Les Tortues, expertes en arts martiaux, combattent pour arracher April des griffes du père de Kershin et se joignent à une bande de rebelles pour mette hors d'état de nuire une bande de trafiquants d'armes ....