Le film débute avec la confrontation entre le troisième ange et Mari Illustrious Makinami pilotant l'Eva 05 dans une base de l'Antarctique. Après une lutte acharnée, l'ange et l'Eva sont détruits. De retour au Japon, l'action commence par la visite de Shinji Ikari et son père sur la tombe de Yui Ikari. Le septième Ange (créé spécialement pour le film tout comme le troisième) attaque et est facilement vaincu par l'arrivée de Asuka Langley Shikinami et de l'Eva 02. Celle-ci emménageant plus tard chez Misato Katsuragi.