Le clan Shiray Ryu, dirigé par Hanzo Hasashi, est attaqué par les ninjas du clan Lin Kuei, dirigé par Sub Zero. Alors que son clan est anéanti, sa femme et son fils assassinés, Hasashi est lui-même tué par Sub Zero. Il se réveille au Royaume du Nether, où le sorcier Quan Chi lui propose un marché : participer en son nom au Mortal Kombat où il aura l'occasion d'exercer sa vengeance sur Sub Zero et de ramener sa famille à la vie. Le dieu du tonnerre et protecteur de la Terre, Lord Raiden, recrute un trio de combattants : Liu Kang, un jeune moine shaolin, Sonya Blade, une militaire des forces spéciales et Johnny Cage, un acteur de cinéma arrogant. Ils doivent participer au Mortal Kombat, un tournoi où les combattants de différents mondes doivent s'affronter pour survivre en éliminant leurs adversaires. Shang Tsung, sorcier de l'Outre-monde et organisateur du Mortal Kombat, est confiant que son champion des derniers tournois, Goro, un colosse à quatre bras, remporte ce tournoi pour s'emparer du royaume de la Terre pour que l'empereur de l'Outre-monde, Shao Khan, puisse en faire son nouveau royaume.