Alors que la guerre entre les mondes fait rage, le seigneur Raiden accepte la tenue d'un nouveau tournoi Mortal Kombat pour décider du sort du Royaume de la Terre face à l'Outre-Monde. Liu Kang, Sonya Blade, Johnny Cage et Rayden feront partie des combattants du Royaume de la Terre, accompagnés de trois nouveaux alliés, Jax, Striker et Kung Lao. Pendant ce temps, Scorpion est revenu à la vie et s'échappe du Royaume du Nether. Il est ensuite pourchassé par des cyborgs du clan des Lin Kuei et de Sub Zero pour venger la mort de son frère. Le tournoi se déroule dans l'Outre-Monde.