En 1996, à Brooklyn. Une fillette prénommée Molly rencontre un jeune extra-terrestre dans sa chambre et voit ses parents se faire « neurolyser » par des Men In Black devant sa maison. 20 ans plus tard, à Paris, les agents H et Grand T, des MIB de Londres, contrent l'attaque d'une race extra-terrestre nommée « La Ruche », au sommet de la Tour Eiffel. En 2019, après des années de recherche et de surveillance, Molly finit par localiser le quartier général des MIB. Repérée dès son entrée, elle se retrouve en isolement. Alors qu'on s'apprête à lui effacer la mémoire, elle réussit à convaincre l'agent O de lui donner sa chance. En tant que l'agent stagiaire M, Molly est envoyée dans l'agence londonienne où elle doit collaborer avec l'agent H. Alors qu'une enquête sur un meurtre mystérieux lié à la Ruche les conduit à Marrakech et en Italie1, ils découvrent l'existence de la menace la plus importante que les MIB aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation .…