Mickey Rooney et Spencer Tracy reviennent dans cette suite du premier Boys Town. Cette fois, l'école fait face à des problèmes financiers alors que le père Flanagan essaie d'aider chaque petit garçon qu'il rencontre. Larry Nunn et Dwayne Hickman se joignent à cette époque alors que Flanagan découvre une école de réforme qui n'a ni réforme ni scolarisation. C'est à Flanagan, Whitey et au reste de l'école de leur apprendre qu'un mauvais garçon n'existe pas.