Le père O'Malley est nommé dirigeant d'une école religieuse. Ses points de vue sur l'éducation se heurtent à ceux de la mère supérieure, la douce sœur Mary Benedict (Ingrid Bergman). Plusieurs intrigues secondaires sont construites sur la vie quotidienne de l'école : l'inscription d'une fillette qui n'a jamais connu son père, l'hostilité d'un voisin homme d'affaires et finalement le renvoi de la Sœur Mary Benedict dans l'Ouest, à la suite d'un début de tuberculose. Le film se termine sur le départ de celle-ci, après que le père O'Malley lui eut confié la vérité sur son état de santé.