Après s’être fait battre par une plante carnivore géante nommée Biollante, Godzilla s’en est retourné vagabonder gentiment loin de tous regards sain et sauf ! Mais Godzilla, comme tout être humain, connaît la faim, et elle se fera sentir dans certainement pas longtemps! Pendant que la menace de ce dernier ne fait qu’augmenter, d’étranges visiteurs en soucoupe volante arrivent en paix, et proposent de faire disparaître Godzilla grâce à un voyage dans le passé, en 1940.