1992, quelques mois après l'affrontement entre Mothra , Godzilla et Bactres , un gros œuf est découvert sur ??une île. Dr Kazuma Aoki (l'inventeur d'un navire battant anti-Godzilla appelé Garuda) et le Dr Azusa Gojo analyser l'œuf, mais le géant Ptéranodon Rodan attaqué le camp de base pour protéger le frère à naître. Peu de temps après la même Godzilla sort de l'eau et élimine apparemment Rodan.