Le projet 35 rhums trouve son origine dans l'histoire familiale de Claire Denis. "C'est une histoire qu'on m'a racontée tout le temps dans mon enfance", raconte la réalisatrice. "L'histoire de mon grand-père qui était un homme veuf, qui a élevé seul ma mère, qui n'a pas eu d'autres enfants, qui ne s'est jamais remarié. Avec mes frères et soeurs, on sentait à quel point le moment où notre mère l'avait quitté avait dû être crucial. Car elle était la fille unique de cet homme-là. Et puis des années plus tard, j'ai emmené ma mère voir des films d'Ozu : je sentais que la présence du père chez Ozu, ça la concernerait, ça lui rappellerait son père. Mon grand-père était brésilien, je sentais bien qu'il n'était pas de France. Le fait d'être étranger, c'est comme si sa seule famille, c'était sa fille. Déjà toute petite, je voyais qu'il n'y avait qu'elle. Et quand ma mère s'est mariée, qu'elle a eu des enfants, il était un grand-père très particulier parce qu'il était d'abord le père de notre mère, beaucoup plus que notre grand-père. Le projet de film était bloqué en moi parce que de toute façon j'avais l'impression que personne ne pouvait interpréter cet homme-là."

Claire Denis souligne que la SNCF a fourni une aide précieuse pour le tournage du film : "Pendant le tournage, je craignais de déranger, de faire intrusion, avec notre matériel. Le régisseur m'a dit, " mais non c'est avec eux qu'on va faire le film ". En fait, c'est exactement ce qui s'est passé. Ils ont pris en main l'affaire, donc ils nous disaient " la scène de nuit, on la fera là, à telle heure parce qu'on peut débrancher les caténaires plus facilement, la scène avec le cheval, on ira la faire là-bas ", vraiment ils étaient dans le film. Ils donnaient leur avis, du coup ça a mis à l'aise Alex Descas qui a réellement appris à conduire un RER. Et qui a perçu la solitude et l'intensité concentrées qui règnent dans la cabine."