Un génie du mal nommé le Dr Who /Dr.Huu dans la version japonaise (à ne pas confondre avec Doctor Who, de la série télévisée britannique) a créé un robot, Kong (parfois dénommé Mechani-Kong dans la version japonaise), afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon.