Né à New York, Christian Slater est le fils de la célèbre directrice de casting Mary Jo Slater et du comédien de théâtre Michael Hawkins. Christian passe ainsi toute son enfance dans le milieu du spectacle et, dès l'âge de 7 ans, tient son premier rôle, apparaissant dans la série télévisée "On ne vit qu'une fois". A 9 ans, il part en tournée dans "The Music Man", puis joue à Broadway dans "Macbeth", "David Copperfield" et "Merlin l'enchanteur". Toujours au théâtre, il se produira plus tard dans la reprise off-Broadway de "Landscape of the Body", de John Guare, ainsi que dans "The Christmas Carol" et "Sherlock Holmes", avec Frank Langella.
On le découvre à l'écran alors qu'il a 15 ans, dans la superproduction du Jean-Jacques Annaud Le nom de la rose, où il incarne un tout jeune moine copiste au service de Sean Connery.