Né de père algérien et de mère bretonne, Malik Zidi se lance dans des études scientifiques qu'il abandonne rapidement pour se consacrer à la comédie. Elève au cours de Véronique Nordey, il suit des stages de cirque et de théâtre de rue. Après une première apparition au cinéma en 1997 dans le moyen métrage Les Corps ouverts de Sébastien Lifshitz et un petit rôle dans Place Vendôme, il est repéré par François Ozon, qui lui confie le personnage de Franz, l'amant vampirisé par Bernard Giraudeau dans Gouttes d'eau sur pierres brûlantes. Cette adaptation d'une pièce de Fassbinder, qui révèle aussi Ludivine Sagnier, vaut au comédien la première de ses trois nominations au César du meilleur espoir masculin, en 2001.