Né à Dublin, en Irlande, Jonathan Rhys Meyers vit une adolescence mouvementée, entre une famille déchirée, un passage par l'orphelinat et des expulsions régulières des écoles qu'il fréquente. C'est en trouvant un petit boulot dans une piscine qu'il est remarqué par une agence de casting, Hubbard Casting. Mais ses premières auditions ne donnent pas d'étincelles et l'apprenti-comédien voit ses espoirs retomber. C'est alors qu'on le rappelle, pour un petit rôle dans Un homme sans importance, une comédie dramatique de Suri Krishnamma, puis pour des rôles plus consistants : Neil Jordan qui voit en lui un "Tom Cruise jeune" l'engage pour incarner l'assassin de Michael Collins dans le film éponyme.