Yves Boisset collabore à un certain nombre de revues spécialisées (Cinéma, Midi Minuit Fantastique, ainsi qu'à l'hebdomadaire Les Lettres françaises, et travaille avec Jean-Pierre Coursodon et Bertrand Tavernier à la première édition (1960) de « Vingt Ans de Cinéma Américain ».
Dans les années 1970, il incarne un cinéma protestataire, s'inspirant souvent d'évènements réels : la police (Un condé), l'affaire Ben Barka (L'Attentat), le racisme (Dupont Lajoie), l'intrusion de la politique dans le judicaire (Le Juge Fayard dit Le Shériff). Il est également le premier à aborder la guerre d'Algérie, (R.A.S.). Il adapte par ailleurs plusieurs auteurs reconnus : Michel Déon et son taxi mauve, Marie Cardinal avec La Clé sur la porte, Jean-Patrick Manchette avec Folle à tuer, Philippe Djian et Bleu comme l'enfer.
À partir du milieu des années 1980, il se consacre quasiment exclusivement à la télévision (son dernier long métrage de cinéma en date est La Tribu en 1990), avec des réalisations historiques : L'Affaire Seznec, L'Affaire Dreyfus, Le pantalon (affaire Lucien Bersot, fusillé pour l'exemple), Jean Moulin, L'Affaire Salengro.