Shinji Ikari, le pilote de l'Eva-01, traumatisé par la mort de Kaworu Nagisa rend visite à Asuka Langley Soryu à l'hôpital. L'adolescente est plongée dans un état comateux depuis qu'elle n'a pas pu piloter l'Eva-02. Shinji tente de la faire réagir puis se masturbe devant elle. La séquence se termine sur Shinji disant « Je me dégoûte ». Au même moment, La SEELE, le comité qui dirige la NERV, décide de lancer le Plan de Complémentarité de l'Homme en s'emparant de l'Eva-01. Le groupe explique également à Gendo Ikari, directeur de la NERV et père de Shinji, qu'ils sont au courant qu'il a tenté d'utiliser le service dans son propre intérêt. La SEELE lance d'abord une attaque informatique puis envoie l'armée pour reprendre le contrôle du centre.