L'histoire se déroule peu avant que Shinichi Kud? ne soit transformé en enfant. Shinichi reçoit une lettre de défi lui indiquant qu'un de ses camarades de classe se fera kidnapper sur un bateau lors d'une sortie scolaire. La victime est Sonoko Suzuki. Ensuite, c'est au tour de Ran M?ri de disparaître. Shinichi doit se dépêcher de les retrouver car le malfaiteur l'a appelé pour l'informer qu'une bombe explosera à minuit là où elles sont enfermées.