Un espion infiltré à l'Agence Nationale de Police Japonaise, a récupéré des fichiers secrets de la Grande-Bretagne MI6, de l'Allemagne BND, de la CIA et du FBI américain. Rei Furuya et un groupe du PSB de la police de Tokyo ont intercepté l'espion pendant la fuite, et juste avant l'accident majeur de la voiture, l'agent du FBI Shuichi Akai sniper a écrasé le véhicule de l'espion. Le lendemain, à l'aquarium de Tokyo avec la grande roue, Conan et les Detective Boys ont trouvé une femme aux yeux hétérochrome ayant subi une perte de mémoire et possédant un téléphone cellulaire cassé sur elle. Conan et les Detectives Boys décident de rester et d'aider la femme a retrouver la mémoire mais restent sous l'œil vigilant de Vermouth.