Un jeune programmeur de génie se suicide après avoir lancé une intelligence artificielle de sa conception sur le réseau. Kogorô est invité à la cérémonie d'ouverture du jeu de réalité virtuelle "Cocoon", mais un meurtre a lieu. La solution de ce meurtre semble se trouver dans le jeu et Conan s'y aventure donc pour résoudre ce mystère. Mais l'intelligence artificielle prend le contrôle du jeu et menace de tuer ses participants, tous fils de dirigeants de grandes entreprises japonaises ou de membres du gouvernement.