L'histoire se déroule avant les événements de Bionicle : Le Masque de Lumière et se déroule sur l'île-cité de Metru Nui. Toa Lhikan est alors le dernier protecteur de la cité, menacée par Makuta et ses sbires. Dans un dernier recours, Lhikan utilise ses pouvoirs pour transformer six Matoran dans le but de créer une nouvelle équipe de Toa: les Toa Metru. Composée de Vakama, Nokama, Matau, Nuju, Onewa et Whenua, ils vont devoir s’accommoder de leur nouveau rôle tout en essayant de déjouer le plan maléfique de Makuta.