Kodai reçut le don de voir le futur lorsqu'il était plus jeune. Ce don lui a donné une immense envie de pouvoir et il est donc devenu très célèbre. Malheureusement, au moment où débute le film, ses pouvoirs s'atténuent. Il doit donc trouver Celebi, le Pokémon Temporel, afin de restaurer ce don. Ainsi, il kidnappe une mère Zoroark (appelée Mima) et son enfant Zorua. Kodai emprisonne ensuite Zorua et fait chanter sa mère en lui faisant comprendre que si elle n'exécute pas ses désirs, elle ne reverra jamais son fils. Cependant, ce que Zoroark ignore, c'est que Zorua s'est échappé de l'avion de Kodai et qu'il a atterri dans une forêt. Zoroark, alors toujours convaincue que son fils est en danger, exécute l'ordre de Kodai : mettre la panique à Couropolis, la ville où se trouve Celebi, dans le but que ce dernier sorte de sa cachette afin que Kodai puisse le capturer. Zoroark se transforme tour à tour en Entei, Raikou, puis Suicune (les anciens protecteurs de la ville) pour détruire Couropolis. Pendant ce temps, Zorua, accompagné de Sacha et ses amis, essaie de retrouver sa mère.