Après les événements survenus à Tall Oaks et Lanshiang, Chris Redfield du BSAA, rejoint huit soldats de l'armée mexicaine en tant qu'observateur dans la région de Querétaro pour appréhender un trafiquant d'armes biologiques, Glenn Arias, et sauver des otages dans un manoir lié à une opération de contrebande d'armes biologiques remplit de zombies infectés par une nouvelle souche virale. Là, il trouve Glenn Arias, mais ce dernier s'enfuit quand le manoir explose. Chris vient ensuite à la rencontre d'une amie et conseillère du BSAA, le Dr Rebecca Chambers, qui commence à développer des médicaments pour combattre le virus rencontré dans le manoir. Le laboratoire est attaqué par l'une des complices d'Arias après la fin des recherches de Rebecca, que Chris sauve d'une infection. Après l'attaque, ils décident de rejoindre Leon S. Kennedy qui pourrait les aider à arrêter Arias. Concluant qu'Arias est impliqué dans une attaque terroriste à venir, ils se rendent à New York pour le trouver avant qu'elle ne puisse se dérouler.