Sous la direction de leur grand-père Mori, les jeunes Rocky, Colt et Tum Tum s'initient à l'art guerrier des Ninjas. Leur père Sam, agent du FBI, est aux prises avec le trafiquant d'armes et maître Ninja Snyder. Contre-attaquant, ce dernier fait capturer les enfants par sa troupe de guerriers, et les retient prisonniers sur son paquebot ....