A la mort de ses parents dans une épidémie de choléra dans les Indes, la riche et turbulente Mary Lennox revient en Angleterre vivre dans la grande propriété d'un oncle hargneux qu'elle n'a jamais rencontré. Dans le jardin du domaine, elle découvre une mystérieuse parcelle close et à l'abandon .... Elle fait connaissance avec un petit garçon, Dickon, qui travaille pour la propriété. En parallèle, elle rencontre également son cousin, Colin, petit garçon malade et capricieux.