L'Alliance des super-vilains est poursuivie par Endeavor et Hawks alors qu'elle transportait une mystérieuse cargaison à bord d'un camion. Le véhicule est détruit au cours de l'intervention et les membres présent à son bord disparaissent grâce à un de leur Alter. Nine, le méchant qui était convoyé par l'Alliance, s’échappe et retrouve son équipe. Ceux-ci souhaite créer une société où seuls les plus forts gouvernent. Dans le même temps, la classe de seconde A de Yuei a été envoyée sur l'île isolée de Nabu dans le but de parfaire leur formation. Là, Izuku Midoriya et Katsuki Bakugo, découvrent que Katsuma, un jeune enfant de la localité, souhaite devenir un héros, mais, sa sœur Mahoro, jugeant que son Alter n'est pas adapté à l'action, cherche à l'en dissuader. Pendant ce temps, leur père, qui possède un Alter de régénération cellulaire, est attaqué par Nine et sa bande. Ce-dernier, cherche a s'emparer de pouvoir de guérison afin de contrôler les différents Alter qu'il a voler sans subir des contrecoups sur son état de santé. Cependant, il s'avère que l’Alter en question est incompatible avec son groupe sanguin. Nine et ses acolytes partent alors à la recherche des enfants de l'homme qu'il a attaqué afin de s’accaparer de le pouvoir tant désiré.