Après l'attaque du poste avancé de Fort Casey par les Arachnides, le vaisseau Alésia y est envoyé pour renforcer le navire John A. Warden et évacuer les survivants. Sur le chemin du retour, le John A. Warden disparaît de tous les radars. A son bord se trouve Carl Jenkins, désormais ministre de la guerre paranormale. Le général Johnny Rico dépêche l'Alésia en mission de sauvetage.