Les extraterrestres de la troisième planète du trou noir ont réussi à rebâtir Mechagodzilla, pour envahir la Terre. Ils se sont associés au Dr Mafune un savant rejeté par la communauté scientifique et capable de contrôler un dinosaure géant marin : Titanosaurus. Pour contrer la menace, Interpol se lance à la poursuite des extraterrestres tandis que Godzilla affronte les deux monstres.