En 1556, à peine âgé de 14 ans, le prince Jalaluddin Muhammad succède à son père, l'empereur Humayun, dont il poursuit les conquêtes. Son arrivée aux portes du Rajasthan inquiète les souverains locaux, et le raja d'Amber lui offre sa fille Jodhaa en mariage, afin de sceller leur alliance et de préserver son royaume. Fin diplomate et esprit ouvert, l'empereur moghol accepte l'union qui lui est proposée ainsi que les conditions que lui impose la fière princesse rajpoute, à savoir de pouvoir pratiquer sa religion hindoue à la cour musulmane. Jalaluddin tombe rapidement sous le charme de sa splendide épouse, mais celle-ci, consciente de n'être qu'un pion dans des jeux de pouvoir, isolée dans un palais étranger et en bute aux manigances de la puissante nourrice du souverain, se montre plus réticente. Progressivement, la tolérance, le sens de la justice et les qualités humaines d'Akbar conquièrent le coeur de Jodhaa.