Pour Hayao Miyazaki, Ponyo sur la falaise est la transposition du conte de Hans Christian Andersen, La Petite Sirène, dans le Japon d'aujourd'hui : "Une petite ville au bord de la mer, une maison au sommet d'une falaise, quelques personnages et l'océan vu comme une présence, une entité vivante."

"Un monde où la magie et l'alchimie font partie du quotidien. Tout en bas, comme notre esprit inconscient, la mer, et à sa surface, l'agitation des vagues. En modifiant l'espace et en altérant les formes, la mer n'apparaît pas seulement comme le décor de l'histoire, mais comme un de ses principaux protagonistes."

"Un petit garçon et une petite fille, l'amour et la responsabilité, l'océan et la vie, et l'essence fondamentale de tout cela : voilà de quoi parle Ponyo sur la falaise, un conte qui est ma réponse à la détresse et à l'incertitude de notre époque."

Au-delà de la simple transposition du conte d'Andersen, l'histoire de Ponyo touche Hayao Miyazaki de manière assez personnelle comme le confie Toshio Suzuki, producteur des films de Miyazaki, et ami de longue date du réalisateur : "L'automne dernier, alors qu'il approchait de ses 67 ans, Hayao Miyazaki m'a dit : "Je suis arrivé à un âge où je peux compter sur mes doigts les années qui me restent à vivre. Bientôt, je retrouverai ma mère. Que vais-je lui dire quand ce moment arrivera ?". Cette question a été au centre de la création et de tout le travail qu'il a accompli autour de Ponyo sur la falaise.

"Il y a dans le film une scène de retrouvailles bien sûr, ce ne sont pas celles dont Hayao m'avait parlé. On ne le voit pas non plus dans le film, mais à travers un petit garçon de cinq ans, Sosuke, il retrouve une vieille dame qu'il semble bien connaître. Je ne vous dévoilerai pas ce qu'ils se disent. Je vous demande simplement de regarder le film, et d'apprécier..."

Ponyo sur la falaise a été projeté en Compétition au Festival de Venise en 2008 où il fut chaleureusement ovationné.