A la fin du XXe siècle, les Nations-Unies ont parqué tous les monstres connus sur l'île d'Ogasawara afin de les étudier tranquillement. Mais soudain, l'île ne répond plus ! Et quand le contact est rétabli, on découvre que les monstres se sont éparpillés à travers le monde pour y semer la panique et la destruction : Rodan anéantit Moscou, Mothra Pékin, Manda Londres, Baragon Paris et Godzilla New York. Les Kilaaks, une race Extra-terrestre, a inventé un moyen de contrôler mentalement les monstres et leur font accomplir une ultime attaque sur Tokyo. Mais les Terriens répliquent; ils détruisent la base lunaire des Kilaaks puis reprennent le contrôle d'Ogasawara et des monstres par la même occasion. Et ils envoient ceux-ci à l'attaque de la base Kilaak du mont Fuji. Les envahisseurs tentent bien de leur opposer Ghidrah mais celui-ci, à un contre dix, est réduit en bouillie en peu de temps et les installations Kilaaks sont détruites par Godzilla...