L'inventeur Goro a mis au point un robot, Jet Jaguar. Mais pour se défendre contre les attaques nucléaires un peuple englouti en prend le contrôle : ils veulent l'utiliser pour guider leur puissant monstre Megalon jusqu'à Tokyo pour y semer la destruction totale. Goro parvient à reprendre le contrôle de son robot et l'envoie chercher Godzilla. Jet Jaguar s'exécute, puis une fois de retour il devient géant et se bat contre Megalon ....