Japon, été 1945. Les B-29 américains ont rasé Kobé. Seita et Setsuko, orphelins et livrés à eux-mêmes, tentent de survivre dans un bunker désaffecté qu'illumine la présence de milliers de lucioles. Mais la famine, la maladie, l'indifférence et l'égoïsme des autres les condamneront à partir pour un monde meilleur.